Johannes Elias Alder ist ein besonderer Mensch, der im Juli 1803 in Eschberg, einem kleinen, entlegenen, fiktiven Bergdorf in Vorarlberg, geboren wird. Das Dorf wird ausschließlich von den Angehörigen zweier Familien bewohnt, den Lampartern und den Alders, die in inzestuösen Verbindungen leben. Wie einige andere Bewohner des Dorfes wird auch der Bruder von Elias, den er sehr liebt, mit einem Down-Syndrom geboren, was in der damaligen Zeit als Erbsünde betrachtet wurde.

Im Alter von vier Jahren findet Elias den "wassergeschliffenen Stein". Er macht einige merkwürdige Veränderungen durch: So färben sich seine Pupillen gelb, er wird viel schneller erwachsen, und vor allem kann er durch sein absolutes Gehör alle Geräusche des Universums hören. Dadurch hört er den Herzschlag eines weiblichen Wesens, der mit dem seinen identisch ist – es ist der Herzschlag seiner Kusine Elsbeth. Fortan besteht eine spirituelle Verbindung zwischen den beiden, die für Elias weit tiefer geht als oberflächliches Verliebtsein.

Mit zwölf Jahren bringt er sich selbst das Orgelspielen bei. Es entsteht der Eindruck, dass Gott ihm diese Gabe schenkte. Er spielt in so wunderlicher Weise, dass er es schafft, die Menschen durch Musik zu ändern. Trotzdem – oder gerade deshalb – ist er ein aus der Dorfgemeinschaft ausgestoßenes Genie.

Peter – Elsbeths Bruder – bleibt Elias' einziger Freund. Dieser seinerseits ist in Elias verliebt und auf eine gewalttätige Art eifersüchtig auf die Liebe zwischen Elsbeth und Elias.

Je älter die Kinder werden, desto tiefer wird ihre Liebe. Die Dreiecksgeschichte hat jedoch keine Zukunft, da jeder eine andere Vorstellung dieser Liebe hat. Elias sieht die Liebe zu Elsbeth als etwas Tiefes, Göttliches, das er nicht durch Körperlichkeit "beschmutzen" will, er drückt die Liebe in seinem außergewöhnlichen Orgelspiel aus.

Elias hadert mit Gott wegen seiner unglücklichen Liebe und bittet diesen, ihn davon zu befreien. Daraufhin erbarmt sich Gott und heilt ihn von der Liebe zu Elsbeth – offensichtlich aber ohne, dass dies Elias bewusst wird. Nach außen wird diese Heilung deutlich durch die Veränderung seiner Augenfarbe.

Durch einen Zufall wird er vom Domorganist zu Feldberg entdeckt und von ihm zum Orgelwettbewerb der Domschule eingeladen. Elias geht widerwillig mit Peter zum Wettbewerb, wo er über den Choral von Johann Sebastian Bach "Komm, o Tod, du Schlafes Bruder" aus der Kantate "Ich will den Kreuzstab gerne tragen" extemporiert. Er gewinnt und erhält einen Preis, flieht aber trotz des Angebots einer fundierten Ausbildung.

Um seine Liebe zu Elsbeth zu bezeugen, bringt er 22-jährig das größtmögliche Opfer: sein Leben. In Gedenken an den Bach-Choral und die Worte eines Wanderpredigers ("wer schläft, liebt nicht") beschließt er, nicht mehr zu schlafen.